เมทิล 5-คลอโร-4-ฟลูออโร-1H-อินโดล-2-คาร์บ็อกซิเลต ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างแกนอินโดลของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ตัวปรับตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งจำเป็นสำหรับการรักษาโรคเช่นภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างยาต้านมะเร็ง โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่ยับยั้งเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเนื้องอก สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ โดยใช้โครงสร้างอินโดลที่มีฮาโลเจนเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ของมันยังขยายไปสู่การผลิตสีย้อมและเม็ดสี ซึ่งช่วยในการสร้างระบบอะโรมาติกซับซ้อนที่มีคุณสมบัติทางแสงเฉพาะ