5-Chloro-1H-indole-6-carboxylic acid ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการออกแบบสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบอินโดลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ตัวอย่างเช่น มันสามารถใช้ในการสร้างสารต้านการอักเสบ สารต้านมะเร็ง หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือเชื้อรา โดยโครงสร้างของสารนี้มีความน่าสนใจในการปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา