5-Fluoro-1H-indole-2-carbaldehyde ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาเภสัชต่างๆ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพต้านมะเร็งและต้านการอักเสบ เป็นโครงสร้างพื้นฐานในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดล ซึ่งศึกษากิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และปฏิสัมพันธ์กับตัวรับ ช่วยในการค้นพบยารักษาใหม่ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ที่ช่วยพัฒนาโพรบเรืองแสงและเซ็นเซอร์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและอินโดล ทำให้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในงานวิจัยเคมีอินทรีย์และเภสัชวิทยา