5,7-Dichloro-1H-indole ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกใช้ในการพัฒนายาชนิดใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบอินโดล ซึ่งช่วยในการออกแบบโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น