4-Fluoro-2-methyl-1H-indole ถูกนำมาใช้ในหลายด้านของอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความคล้ายคลึงกับอินโดลซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่พบในสารประกอบทางธรรมชาติหลายชนิด มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการผลิตสารเคมีที่มีฤทธิ์ทางยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ และสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประยุกต์ใช้ในกระบวนการวิจัยทางเคมีอินทรีย์และชีวเคมี เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคหรือปรับปรุงกระบวนการทางอุตสาหกรรม