เมทิล 4-ฟลูออโร-1H-อินโดล-3-คาร์บอกซิเลต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ โครงสร้างแกนอินโดลทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์ยาต่างๆ ที่มีฐานอินโดล ซึ่งเป็นที่รู้จักจากกิจกรรมทางชีวภาพที่หลากหลาย รวมถึงคุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง การแทนที่ด้วยฟลูออรีนเพิ่มปฏิกิริยาและ bioavailability ของสารประกอบ ทำให้เป็นตัวเลือกที่ต้องการในเคมียารักษาเพื่อออกแบบผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการเตรียม agrochemicals โดยเฉพาะในการพัฒนา herbicides และ insecticides เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพอย่างมีประสิทธิภาพ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังห้องปฏิบัติการวิจัย ที่ซึ่งถูกใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพของสารประกอบเคมีใหม่