4-Fluoro-5-nitro-1H-indole ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในวงการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยา เนื่องจากมีโครงสร้างที่เหมาะสำหรับการพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารเคมีที่มีศักยภาพในการต้านมะเร็ง ต้านเชื้อแบคทีเรีย หรือต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีผลต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้