4,7-Difluoroisatin ใช้ในการวิจัยเภสัชภัณฑ์ในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้ง kinase และสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีปฏิกิริยาที่หลากหลายและความสามารถในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไป ซึ่งช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบที่ได้ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยมีส่วนช่วยในการออกแบบวัสดุอินทรีย์ใหม่ที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือคุณสมบัติทางแสงเฉพาะ