4,6-Difluoro-1H-indole-2,3-dione ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อโต้ตอบกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในสมอง ทำให้มีคุณค่าในการสร้างตัวแทนบำบัดที่อาจเป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและโพรบสำหรับการทดสอบทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการศึกษากระบวนการของเซลล์และการโต้ตอบระหว่างโมเลกุล แกน indole ที่ fluorinated โดยเฉพาะยังมีส่วนช่วยในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งอาจใช้ในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติกำจัดศัตรูพืชหรือกำจัดวัชพืช