2-Methyl-6-nitro-1H-indole ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ กลุ่มไนโตรและอินโดลทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในเคมียารักษาโรค ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพต้านการอักเสบ ต้านจุลชีพ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับเนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้าง นอกจากนั้น การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี ซึ่งช่วยในการพัฒนาสารให้สีสำหรับการใช้งานอุตสาหกรรม