Dimethyl 1H-indole-2,6-dicarboxylate ถูกนำไปใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย มันทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยก่อสร้างในการพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์ยาที่มีโครงสร้างพื้นฐานจากอินโดล ซึ่งมีคุณสมบัติการรักษาที่หลากหลาย สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชชนิดใหม่ นอกจากนี้ มันยังพบการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีอินทรีย์ เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้างที่ช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อให้ได้ลักษณะสีที่ต้องการ บทบาทของมันในการวิจัยและพัฒนานั้นสำคัญยิ่ง เนื่องจากช่วยในการสำรวจสารเคมีใหม่ที่มีศักยภาพทางอุตสาหกรรมและการแพทย์