ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น สารที่มีผลต่อตัวรับเซโรโทนิน (serotonin receptors) ซึ่งเกี่ยวข้องกับภาวะซึมเศร้า วิตกกังวล และโรคนอนไม่หลับ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารกลางในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างอินโดลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างสารอนุพันธ์ใหม่สำหรับคัดกรองฤทธิ์ทางชีวภาพ