ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น สารที่มีผลต่อตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งเกี่ยวข้องกับภาวะซึมเศร้า วิตกกังวล และการนอนหลับ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างอินโดลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานเคมีอินทรีย์เป็นโมเลกุลหลักในการสร้างสารอนุพันธ์ใหม่เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมทางชีวภาพ