ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า หรือยาปรับสมดุลสารสื่อประสาท สารอนุพันธ์ของอินโดลมีความสำคัญในการพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมอารมณ์ การนอนหลับ และความอยากอาหาร จึงนิยมใช้สารนี้ในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลเป้าหมายสำหรับการคัดกรองฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา