ใช้หลักๆ เป็นตัวกลางในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สามารถทำปฏิกิริยากับอะมีนได้ง่ายเพื่อสร้างอะไมด์เบสอินโดล ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ ใช้บ่อยในการพัฒนาลิแกนด์ตัวรับเซโรโทนินและสารประกอบทางระบบประสาทอื่นๆ เนื่องจากแกนอินโดลพบมากในสารสื่อประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพรบเรืองแสงและสีย้อม โดยโครงสร้างอินโดลช่วยในคุณสมบัติการดูดซับและการปล่อยแสง ความสามารถในการทำปฏิกิริยาทำมันซะให้สามารถดัดแปลงได้อย่างมีประสิทธิภาพในเคมีคอมบิเนตอเรียลและกระบวนการค้นพบยา