ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างอินดีล ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในยาหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยารักษาโรคซึมเศร้า และยาต้านจิตประดิษฐ์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ที่มีฤทธิ์ต่อต้านการอักเสบ และฤทธิ์ต้านจุลชีพ เนื่องจากหมู่ไตรฟลูโรมีธิลช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเซลล์และเพิ่มความเสถียรของโมเลกุล