ใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับสารสื่อประสาทและระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างคล้ายกับสารธรรมชาติบางชนิดที่มีผลต่อการทำงานของสมอง เช่น เซโรโทนิน และเมลาโทนิน จึงมักถูกนำไปใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาแก้ซึมเศร้า ยากระตุ้นประสาท หรือสารปรับอารมณ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานพัฒนายาใหม่ที่เกี่ยวข้องกับการนอนหลับ ความเครียด และโรคทางจิตเวช บางครั้งยังถูกใช้ในการวิเคราะห์ทางเคมีเพื่อตรวจวัดหรือศึกษาเส้นทางการเผาผลาญของอินโดลในสิ่งมีชีวิต