ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า หรือยาปรับสมดุลทางจิตใจ นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีเป้าหมายไปยังตัวรับเซโรโทนิน (serotonin receptors) เนื่องจากโครงสร้างของอินโดลมีความคล้ายคลึงกับสารสื่อประสาทธรรมชาติ จึงเหมาะสำหรับการสร้างสารออกฤทธิ์เฉพาะจุดในสมอง ยังไม่มีการใช้งานในเชิงพาณิชย์อย่างแพร่หลาย และส่วนใหญ่ยังจำกัดอยู่ในห้องปฏิบัติการวิจัย