ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase แบบเลือกเฉพาะ. โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่ขัดต่อทางเดินการอักเสบและมะเร็ง. แกนอินโดลที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับมัดในยาที่เป็นผู้สมัคร. ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรม (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับยาที่มีฐานอินโดล.