ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพ มีบทบาทเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมอนุพันธ์เบสอินโดลที่มีคุณสมบัติทางการแพทย์ที่เป็นไปได้ รวมถึงยาต้านการอักเสบ ยาต้านจุลินทรีย์ ยาต้านมะเร็ง และสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ตัวรับเซโรโทนิน (serotonin receptors) ซึ่งเกี่ยวข้องกับภาวะซึมเศร้า วิตกกังวล และโรคนอนไม่หลับ ใช้กันทั่วไปในสถานที่วิจัยสำหรับพัฒนาสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกใหม่เนื่องจากกลุ่มฟังก์ชันไนโตรและเอสเตอร์ที่ทำปฏิกิริยาได้ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารกลางในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างอินโดลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง และใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมภายในโครงนุภาคอินโดลสำหรับการค้นพบยา นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างสารอนุพันธ์ใหม่สำหรับคัดกรองฤทธิ์ทางชีวภาพ