ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ปรับตัวรับเซโรโทนินและตัวแทนระบบประสาทส่วนกลางอื่นๆ โครงสร้างแกนอินโดลทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่มีศักยภาพในการเป็นยาต้านซึมเศร้า ยาลดความวิตกกังวล หรือยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมในการค้นพบยา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์สีย้อมและสารเรืองแสงเนื่องจากคุณสมบัติทางแสงโดยธรรมชาติของโครงสร้างอินโดล