ใช้ในสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์เป็นตัวกลางสำคัญสำหรับยาที่มีโครงสร้างอินโดล โดยเฉพาะในการพัฒนาสารต้านการอักเสบและตัวแทนระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันสนับสนุนการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากแกนอินโดลพบมากในผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและสารประกอบยา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบตัวปรับตัวรับเซโรโทนินใหม่ๆ พบการใช้งานทั่วไปในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับพัฒนาสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากความสามารถในการเลียนแบบอนุพันธ์กรดอินโดลอะซิติก นิยมใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างสารอนุพันธ์ที่มีโครงสร้างอินโดลซึ่งพบในยาหลายชนิด เช่น ยาแก้ปวดไมเกรนกลุ่มไตรปแทน หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อตัวรับเซโรโทนิน และใช้บ่อยในเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างระบบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนผ่านการแปลงหมู่ฟังก์ชัน