ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับยาและสารชีวภาพ โครงสร้างแกนอินโดลทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาลิแกนด์ตัวรับเซโรโทนินและตัวแทนระบบประสาทส่วนกลางอื่นๆ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมสีย้อมเรืองแสงและเซ็นเซอร์เนื่องจากคุณสมบัติทางแสงโดยธรรมชาติของโครงสร้างอินโดล ยังใช้ในการวิจัยตัวแทนต้านการอักเสบและต้านมะเร็ง ซึ่งอินโดลที่ถูกแทนที่แสดงกิจกรรมทางชีวภาพที่น่าสัญญา ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์ระบบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้นสำหรับการค้นพบยาและการประยุกต์ใช้วิทยาศาสตร์วัสดุ