ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยสนับสนุนการออกแบบสารประกอบที่เล็งเป้าไปยัง tyrosine kinases ซึ่งมีบทบาทในการเจริญเติบโตและการลุกลามของเนื้องอก นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่มีศักยภาพต้านไวรัสและต้านการอักเสบ แกนฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับติดของยาตัวสมัคร ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยเคมียา