ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง หรือสารที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ พบว่าสารอนุพันธ์ของอินโดลมีศักยภาพในการยับยั้งเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับโรคเรื้อรัง จึงถูกนำมาใช้เป็นโครงสร้างหลักในการออกแบบโมเลกุลใหม่ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารฟลูออเรสเซนต์หรือวัสดุออปโตอิเล็กทรอนิกส์ในระดับห้องปฏิบัติการ