ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า หรือยาปรับสมดุลสารสื่อประสาท เนื่องจากโครงสร้างของอินโดลมีความคล้ายคลึงกับสารสื่อประสาทตามธรรมชาติ สารนี้จึงถูกใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างสารอนุพันธ์ที่สามารถออกฤทธิ์ต่อตัวรับเซโรโทนินหรือรีเซพเตอร์อื่น ๆ ในสมอง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านมะเร็ง โดยเฉพาะสารที่มีฤทธิ์ยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง