ใช้เป็นสารตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่ม modulator ของตัวรับเซโรโทนินและยาอื่นๆ สำหรับระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างอินโดลที่ถูกฮาโลเจนแทนที่ (โบรโมและคลอโร) ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชสำหรับการสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อเตรียมโพรบเรืองแสงและสารสำหรับการถ่ายภาพ เนื่องจากปฏิกิริยาของแกนอินโดลและผลกระทบการนำทางของหมู่โบรโมและคลอโร สามารถใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นในโปรแกรมค้นพบยา นิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงสูง โดยเฉพาะสารตั้งต้นสำหรับยารักษาโรคทางระบบประสาท เช่น ยาต้านภาวะซึมเศร้าและวิตกกังวล รวมถึงสารที่มีโครงสร้างคล้ายเซโรโทนินซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมอารมณ์และการนอนหลับ