ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินโดลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาต้านมะเร็ง หรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของอินโดลมีบทบาทสำคัญในสารชีวโมเลกุลหลายชนิด กลุ่ม tert-Butyldimethylsilanyl ทำหน้าที่เป็นตัวป้องกัน (protecting group) สำหรับไนโตรเจนในตำแหน่ง 1 ของอินโดล ซึ่งช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งในขั้นตอนการสังเคราะห์ต่อเนื่อง และสามารถถอดออกได้ง่ายภายหลังเมื่อต้องการ เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในปฏิกิริยาหลายชนิด เช่น การแทนที่แบบอิเล็กโทรฟิล หรือการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในตำแหน่งที่ต้องการ