ใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบชีวภาพที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ผู้ใช้ย่อยฮาโลเจนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบเลือกเพศ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับพัฒนายับยั้ง kinase และ modulator ตัวรับ ใช้บ่อยในงานวิจัยเพื่อสร้างโครงสร้าง indole-based ที่ซับซ้อนซึ่งพบในยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาต้านการอักเสบ การมีฮาโลเจนหลายตัวช่วยให้สามารถปรับแต่งแบบ stepwise สนับสนุนการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและสารสำหรับการถ่ายภาพเนื่องจากคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์โดยธรรมชาติของแกน indole