ไอซาทินถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์ยาต่างๆ เนื่องจากโครงสร้างที่หลากหลายของมัน มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาต้านจุลินทรีย์ สารอนุพันธ์ของไอซาทินมีประสิทธิภาพโดยเฉพาะในการยับยั้งเอนไซม์และโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ไอซาทินยังถูกใช้ในการพัฒนาสีและเม็ดสี ซึ่งให้สีสันสดใสสำหรับสิ่งทอและการใช้งานอุตสาหกรรม ในเคมีอินทรีย์ มันเป็นบล็อกก่อสร้างที่มีค่าในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในกระบวนการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ บทบาทของมันในเคมีวิเคราะห์รวมถึงการใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการตรวจจับและวัดปริมาณสารเฉพาะเจาะจง