เมทิล อินโดล-3-คาร์บอกซิเลต ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการผลิตสารประกอบชีวภาพต่างๆ ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทและมะเร็ง สารนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนาเคมีเกษตร โดยมีส่วนในการปรุงสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ เพื่อช่วยในการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และสีย้อม ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้มีคุณค่าต่อนักวิจัยที่สำรวจโมเลกุลใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม