7-Fluoroindole ถูกใช้หลัก ๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการพัฒนาสารประกอบชีวภาพต่าง ๆ มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ นักวิจัยยังใช้ 7-Fluoroindole ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับ เพื่อช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่