6-Methoxyindole ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ขัดต่อระบบประสาทส่วนกลาง มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตอนุพันธ์เซโรโทนิน ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และไมเกรน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสร้างอนุพันธ์เมลาโทนิน ซึ่งใช้ในการควบคุมความผิดปกติของการนอนหลับและจังหวะนาฬิกาชีวภาพ ในงานวิจัยด้านเคมีเกษตร 6-Methoxyindole ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชและยาฆ่าแมลง เพื่อเพิ่มผลผลิตและการป้องกันพืช บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตสีย้อมและเม็ดสี ซึ่งมีส่วนช่วยในอุตสาหกรรมสิ่งทอและการพิมพ์