6-(Trifluoromethyl)indole เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีอินทรีย์อย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพและยา เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอินโดลและไตรฟลูออโรเมทิล ทำให้มันมีคุณสมบัติทางเคมีที่โดดเด่นและมีศักยภาพในการปรับปรุงประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่น ๆ ที่มีประโยชน์ในทางเคมี เช่น สารกำจัดศัตรูพืชและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรและความสามารถในการละลายของสารประกอบ ทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานในสภาวะต่าง ๆ ในด้านการวิจัย 6-(Trifluoromethyl)indole ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกการเกิดปฏิกิริยา เพื่อพัฒนาสารใหม่ ๆ ที่มีคุณสมบัติเฉพาะทางสำหรับการใช้งานในอนาคต