5-Hydroxyindole ถูกนำไปใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีเคมีเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะสารที่เกี่ยวข้องกับสารสื่อประสาท มันมีบทบาทสำคัญในการศึกษากลไกของเซโรโทนิน เนื่องจากมีโครงสร้างคล้ายกับเซโรโทนิน ซึ่งเป็นสารสื่อประสาทหลักในร่างกายมนุษย์ นักวิจัยใช้ในการตรวจสอบผลกระทบของเซโรโทนินต่ออารมณ์ ความอยากอาหาร และการนอนหลับ รวมถึงบทบาทในโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ 5-Hydroxyindole ยังถูกใช้ในการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และไมเกรน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างอนุพันธ์อินโดลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ