5-Methoxyindole-2-carboxylic acid ethyl ester เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกนำมาใช้ในการสร้างโครงสร้างอินโดล (indole) ซึ่งเป็นส่วนสำคัญของสารประกอบหลายชนิดในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาที่มีผลต่อระบบประสาท นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคหรือปรับปรุงกระบวนการทางเคมีในห้องปฏิบัติการอีกด้วย