เอทิล 5-คลอโรอินโดล-2-คาร์บอกซิเลต ถูกใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนาสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์ยาต่างๆ ที่มีฐานอินโดล ยาเหล่านี้มักเล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและจิตเวช เนื่องจากส่วนอินโดลมีความคล้ายคลึงกับสารสื่อประสาทเช่นเซโรโทนิน นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมี เช่น การจับคู่และการแทนที่ ทำให้มันเป็นส่วนประกอบสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ