5-Chloroindoline ถูกใช้หลักๆ ในเคมีอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารที่มีศักยภาพทางรักษา โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์อินโดล ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านการอักเสบ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยากร ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้เป็นบล็อกสร้างที่เป็นประโยชน์ในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม