5-Chloro-2-iodo-1H-indole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในสาขาเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อนและมีความสำคัญทางชีวภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบอินโดล (indole derivatives) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมยาและเคมีภัณฑ์ทางการเกษตร นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ เช่น ปฏิกิริยาคัปปลิง (coupling reactions) และการสร้างพันธะคาร์บอน-ไอโอดีน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษาโรคและการออกแบบสารเคมีใหม่ ๆ