5-Fluoroindole-2-carboxylic acid ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางเภสัชศาสตร์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับตัวและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโปรบฟลูออเรสเซนต์และสารสำหรับการถ่ายภาพ ซึ่งช่วยในการศึกษากระบวนการเซลล์และกลไกของโรค การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยทางเกษตรเคมี โดยใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่