5-Fluoro-7-methyl-1H-indole เป็นสารเคมีที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินโดล (indole derivatives) ซึ่งมีศักยภาพในการเป็นยารักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคมะเร็ง โรคทางระบบประสาท และโรคติดเชื้อ อะตอมฟลูออรีนในโครงสร้างช่วยเพิ่มฤทธิ์ทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการออกแบบยาที่มีประสิทธิภาพสูง รวมถึงสารยับยั้งเอนไซม์และตัวรับสัญญาณในเซลล์

นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการนำสารนี้ไปใช้ในการพัฒนาสารยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับสัญญาณในเซลล์ ซึ่งอาจช่วยในการค้นหายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีผลข้างเคียงน้อย นอกจากด้านเภสัชกรรมแล้ว 5-Fluoro-7-methyl-1H-indole ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยทาง agrochemical เพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช โดยอาศัยความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะในศัตรูพืชและวัชพืช รวมถึงเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สีย้อมและสารเคมีพิเศษอื่น ๆ และในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการเกิดสารใหม่ ๆ