4,6-ไดคลอโรอินโดลีน ไฮโดรคลอไรด์ เป็นสารเคมีที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งอาจมีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคทางระบบประสาทหรือโรคมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้งานในด้านเคมีเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความปลอดภัยสูงขึ้น