3-Cyanoindole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เคมีอินทรีย์ และเคมีเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งวงแหวนอินโดลและหมู่ไซยาโน ซึ่งทำให้มีศักยภาพในการเป็นสารตั้งต้นที่หลากหลายสำหรับการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพและอนุพันธ์อินโดลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในการพัฒนายาและสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และสารต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยโครงสร้างช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช รวมถึงในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และสีย้อม คุณสมบัติการตอบสนองและโครงสร้างทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีต่างๆ รวมถึงการศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิกิริยาในห้องปฏิบัติการ