6-Chloroindole-2-carboxylic acid ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการผลิตสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดล ซึ่งเป็นที่รู้จักจากกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น คุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยสารประกอบฐานอินโดลมีบทบาทในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช กลุ่มฟังก์ชันคลอโรและกรดคาร์บอกซิลิกทำให้เป็นจุดปฏิกิริยาสำหรับการปรับเปลี่ยนเคมีเพิ่มเติม สามารถสร้างโมเลกุลที่หลากหลายสำหรับการใช้งานอุตสาหกรรมต่างๆ นักวิจัยยังสำรวจศักยภาพในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากระบบคอนจูเกตอินโดล