5,6-Difluoro-1H-indole-2-carboxylic acid เป็นสารประกอบที่ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ active ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบที่โต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง เช่น ตัวรับเซโรโทนิน ทำให้มีคุณค่าสำคัญในการออกแบบยารักษาที่มีศักยภาพ นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในการพัฒนาโพรบที่ใช้ fluorescence สำหรับการศึกษาทางชีวเคมี ซึ่งช่วยในการแสดงภาพและความเข้าใจกระบวนการในระดับเซลล์