6-Iodo-1H-indole-2-carboxylic acid ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในด้านการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบอินโดล (indole derivatives) ซึ่งมีศักยภาพในการออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท ยับยั้งการอักเสบ หรือต้านเชื้อจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเรืองแสงสำหรับการวิจัยทางชีวภาพและการวินิจฉัยทางการแพทย์ ส่วนย่อยไอโอดีนของสารนี้ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีประโยชน์สำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions)