6-Fluoroindole-3-carboxaldehyde ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาผู้สมัครที่อาจใช้รักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในเคมีอินทรีย์เพื่อเตรียมโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีหมู่อัลดีไฮด์และอินโดลที่ทำปฏิกิริยาได้ดี นอกจากนี้ยังนำไปประยุกต์ในการศึกษายับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์รีเซพเตอร์ ซึ่งช่วยส่งเสริมความก้าวหน้าด้านเคมียารักษาโรค