6-Fluoro-1-methyl-1H-indole-3-carbaldehyde ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น สารต้านการอักเสบ สารต้านจุลชีพ และสารต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างคลังสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นต่อเคมียารักษาและการวิจัยวิทยาศาสตร์วัสดุ