ฟลูออเรสเซอินโซเดียมซอลต์ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านจักษุวิทยา ใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงเพื่อตรวจหาการบาดเจ็บของกระจกตา แผลในกระจกตา และสิ่งแปลกปลอมในดวงตา เมื่อใช้ในรูปแบบหยอดตา จะช่วยให้บริเวณที่เสียหายเด่นชัดภายใต้แสงสีน้ำเงิน ช่วยในการวินิจฉัยและรักษาโรคตา

นอกจากจักษุวิทยาแล้ว ยังใช้ในการถ่ายภาพหลอดเลือด (angiography) เพื่อแสดงการไหลของเลือดในจอประสาทตาและเยื่อบุจอตา (choroid) ซึ่งช่วยระบุความผิดปกติ เช่น การรั่วไหล การอุดตัน หรือการบวมในหลอดเลือด

นอกเหนือจากการแพทย์ ฟลูออเรสเซอินโซเดียมซอลต์ใช้ในงานศึกษาสิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามการไหลของน้ำและตรวจหาการรั่วไหลในระบบประปา การเรืองแสงที่สว่างช่วยให้เป็นสารติดตามที่มีประสิทธิภาพในไฮดรอลอจีและโครงการวิศวกรรม

ในจุลชีววิทยา ใช้เป็นสารย้อมสีเพื่อศึกษาคุณสมบัติและกระบวนการของเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์เรืองแสง ความหลากหลายและการเรืองแสงที่แรงทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในสาขาวิทยาศาสตร์และการแพทย์ต่างๆ