3-Amino-4,6-difluoro-1H-indazole ถูกนำไปใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ active ต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและฟลูออโร ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางรักษา โดยเฉพาะในด้านมะเร็งวิทยาและการยับยั้งเอนไซม์ นักวิจัยมักใช้มันในการสร้างยารักษาใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังโปรตีนหรือเส้นทางเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการลุกลามของโรค นอกจากนี้ แกนอินดาโซลของมันยังถูกสำรวจบ่อยครั้งในการออกแบบตัวยับยั้งคินาส ซึ่งมีความสำคัญในการรักษามะเร็งและโรคอักเสบ ความหลากหลายของสารนี้ยังขยายไปถึงการวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งอาจใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น